Celui qui se trouve dans system32 est le fichier officiel, donc il ne faut pas le supprimer.
Les logiciels de cheat avaient tendance à utiliser D3D9.DLL pour "s'incruster" dans le jeu. Mais ce fichier D3D9.DLL modifié se trouvait dans le répertoire de GTA et faisait appel au vrai fichier D3D9.DLL de system32.
Pour info : Le fichier original D3D9.DLL de DirectX 9.0c fait 1 650 Ko (1 689 088 octets) et date du 19/08/2004 à 16:09.
En cas de doute, fait comme t'as dit GtazManiac, re-installe DirectX 9.0c
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Syg